La Iglesia de Santa María fue construida en el siglo XVI sobre los restos de la Mezquita Mayor de Caniles. La Parroquia de San Pedro que estaba en el Barrio Bajo y hoy completamente desaparecida se fusionó con ella en el año 1792 de ahí el nombre de Iglesia de Santa María y San Pedro. Fueron esas dos Iglesias Santa María de la Anunciación y San Pedro las dos primeras Iglesias construidas en Caniles en el año 1506. Sin embargo la falta de feligreses de la del Barrio Bajo, junto a unos importantes defectos en el tejado propició dicha fusión.
La Iglesia es de estilo Mudéjar, tenía una única nave, con una capilla Mayor , pero en el año 1769 se le añadieron dos naves laterales. La nave principal se distingue de la capilla mayor con un arco toral, cubriéndose el presbiterio con una armadura ochavada de limas mohamares y está totalmente apeinazado con lazo de ocho, las pechinas tienen la misma decoración. La armadura de la nave principal es de limas simples con seis tirantes pareados y apeinazados sobre canes lobulados.
La portada principal de la Iglesia es de Mármol flanqueada por columnas, rematadas por un entablamento, dado que un segundo cuerpo con un medallón se cayó en 1954. Esta portada fue financiada por una importante familia de Caniles, Los Belmonte. La fachada es de ladrillo visto, típico del estilo Mudéjar y fue pintado en el año 1914. A las espaldas del templo hay adosado otro edificio que funciona como casa parroquial y salón para catequesis.
Durante la Guerra Civil, la Iglesia de Caniles sufrió importantes desperfectos entre ellos la desaparición de gran parte de las imágenes y del retablo Barroco que tenía y del que hay en marcha un proyecto para recuperarlo con la recaudación de dinero por parte de los feligreses.
En fechas recientes la Iglesia pudo recuperar seis nuevas campanas, pues de las nueve que tenía, siete fueron arrojadas al suelo durante la Guerra Civil, para fundirlas y convertirlas en munición. Se salvó la Torre del Reloj que era de fundición y del año 1908 y la Campana de Santa María de bronce y del año 1913. Posteriormente y pasada la Guerra se recuperó una nueva campana llamada Sagrado Corazón de Jesús. Las nuevas campanas puestas hace pocos años tienen los nombres de San Sebastián, que es co-patrono de Caniles, San Antonio que es patrón, Virgen del Carmen, Obispo Medina Olmos, San Rafael Arcángel y Sacerdotes mártires canileros.
A día de hoy las imágenes más representativas de esta Iglesia y que podemos observar son entre otras Nuestro Padre Jesús Nazareno atribuida a Domingo Cecilio Sánchez Mesa del año 1945.
Nuestra Señora de los Dolores Coronada de Francisco Font y Pons del año 1942 que fue coronada canónicamente el 15 de Agosto del 2008 por el Obispo de Guadix.
San Antonio de Padua de autor desconocido, aunque la talla es de los años 40.
Nuestra Señora del Carmen.
Sagrado Corazón de Jesús.
Así como muchísimas otras imágenes que han ido recuperando su esplendor a esta maravillosa Iglesia.
